水运工程应用技术系成立于2013年，是云南交通技师学院下设的“六系一部一处”之一，承担着水运系在校生全日制教学、云南交通技师学院船员培训中心的运行、留学生培养等相关工作。 2012年，经交通部海事局批准，学院成为云南省唯一一家获得交通部批准的具有内河船员培训认证资质的高职院校，是云南省地方海事局内河船员培训基地，是云南省唯一一家培养高技能水运人才的高职院校。培训中心先后在昆明、水富、玉溪、大理、普洱、临沧、版纳、楚雄等地开展多期培训，截止2025年8月，共开展各类培训160余期，总人数达1.1万余人次，培训学员遍布云南省各地州市。在校生培训通过率达98.2%，社会培训通过率达94.5%，培训质量得到学员及主管部门的高度认可。

在云南省交通运输厅、人社厅、教育厅、云南省地方海事局等各级部门领导的支持下，学院水运专业建设获得了较快发展，现共开设2个专业：船舶驾驶专业、船舶轮机专业。

水运系实训室建设在国内内河航运院校处于领先水平，现已建成基本安全实训室、水手工艺实训室、GMDSS通讯导航实训室、海图作业实训室、船舶驾驶模拟器、轮机模拟器、主机拆装实训室、辅机拆装实训室、主机运行实训室、辅机运行实训室、车床操作车间、电焊实训室、航海文化展厅等实训室群。水运系与大理、西双版纳、四川、重庆、上海、广州等省内外大型国企、央企建立了校企合作关系。2016年4月，与云南省港航投资建设有限责任公司建立了校企合作关系，并挂牌成为云南省港航投资建设有限责任公司船员培养基地。打通了省内外学生实习就业的渠道，学生实习就业率高达100%，毕业生供不应求。

由于船上工作性质及工作环境的特殊性，我系对在校学生实行标准化管理（半军事化管理），对于培养锻造学生优良作风、良好生活习惯、过硬的思想和身体素质、较强的职业能力等方面具有非常重要的作用。